全6作品
以下は公開順（リリース順）での一覧です。 初めて見る方は公開順に視聴するのがおすすめです。 シリーズによっては時系列順が異なる場合がありますが、 公開順で見ることで制作者の意図した順番で物語を楽しめます。
西暦２１９９年。謎の侵略者ガミラスの攻撃によって滅亡の危機に瀕した地球は、惑星イスカンダルから、地球を救うために必要な装置“コスモクリーナーＤ”を取りに来い、というメッセージを受け取る。人類は、太平洋に沈んだ旧日本軍の戦艦大和を“宇宙戦艦ヤマト”に改造。地球滅亡まで残り１年というタイムリミットの中、未来ある若者たちを乗せた宇宙戦艦ヤマトは、遥か１４万８千光年の彼方にあるイスカンダル目指して旅立つ。
ガミラス星との長い戦いが終わり、地球は順調に復興していた。ヤマトは廃艦になり、古代らは輸送船の護衛任務につく。だが、またもや人類に危機が迫っていた。宇宙の彼方から全宇宙の征服をたくらむ白色彗星帝国が接近していたのだ。そんなとき、古代は未知の星から発信された通信をキャッチする。それはテレサという女性からの助けを求めるメッセージだった。だが、地球連邦政府は取り合おうとしない。古代らは宇宙戦艦ヤマトで極秘に出航し、発信源の星へと向かうのだった。
白色彗星帝国との戦いに勝利したヤマトが地球に帰還して１か月後。負傷者たちの傷も癒え、修理が完了したヤマトは、新たな乗組員を迎えて訓練航海に出発する。その頃、ガミラス星に帰還したデスラーは、採掘作業を行なう謎の艦隊に遭遇。両軍の間で戦闘が始まるが、その影響でガミラス星が爆発。双子星だったイスカンダルは、バランスを失って暴走を始める。それを追跡するデスラーから通信を受けたヤマトは救援に向かう。
西暦２２０２年。突如、襲来した宇宙艦隊が、瞬く間に地球全土を占領。暗黒星団帝国を名乗る敵は、一瞬で人類を全滅させる新兵器・重核子爆弾を楯に降伏を迫る。反撃のため、仲間とともに宇宙戦艦ヤマトが隠された小惑星イカロスへ向かう古代進。だが、その途中で恋人の森雪が敵の銃撃に倒れ、地球に取り残されてしまう。雪と地球を救うため、イカロスに辿り着いた古代たちは、重核子爆弾の起爆装置がある敵の母星に向けて旅立つ。
西暦2203年。大異変の調査に向かったヤマトは、宇宙を周回する水の惑星アクエリアス接近の影響で水没の危機に瀕した惑星ディンギルを発見。そこで１人の少年を救出するが、難を逃れたディンギル艦隊の攻撃を受けて大損害を被る。自動航行で地球に帰還したものの、責任を感じた古代進は艦長を辞任。一方、母星を失ったディンギル帝国は、アクエリアスを地球付近にワープさせ、水没による人類絶滅後に移住しようと企んでいた。
西暦2220年、太陽の300倍の質量を持ち、光をも飲み込む暗黒の天体、移動性ブラックホールが宇宙から地球へと迫っていた。地球連邦政府は、移民船団を組織。サイラム恒星系アマールへの移民を決行するが、謎の大艦隊の攻撃に遭い、船団が壊滅。古代進は移民船団の護衛艦隊司令としてヤマトに乗り込み、大艦隊に戦いを挑む。
